"Ingat, saat kau punya sayap." Sebagai tanggapan atas permintaan dari 12.000 tahun yang lalu, hati yang patah terhubung. Saat matahari, bulan, dan Mars bertemu, melodi fusi baru mengalir! Enoshima adalah pulau kecil yang mengapung di Laut Shonan. Di pantainya yang indah dan tenang, terdapat "Akademi Enoshima Swasta." Sekolah tersebut mengumpulkan anak-anak berbakat dari seluruh negeri, dan memberi mereka pendidikan berbakat menggunakan peralatan terkini. Sakko, Rimiya, dan Toshi, yang telah dipilih sebagai siswa di kelas bala bantuan khusus "Elemen," diperintahkan untuk mengemudikan "Mesin Vektor," sebuah pesawat tempur yang ditenagai oleh kekuatan emosi, dan dipaksa untuk bertarung melawan senjata invasi misterius "Binatang Mistis." Di tengah pertempuran, dipandu oleh penglihatan misterius, Sakko berteriak... "Fusi Planet! Maju, Aquarion!" Di akhir reinkarnasi berulang, sayap surgawi mekanis Aquarion muncul. Anak laki-laki dan perempuan, yang terbebani dengan takdir mereka, akan berhadapan langsung dengan kebenaran alam semesta saat organisasi misterius Space Egg Society dan niat orang dewasa saling bersinggungan... Ini adalah mitos besar tentang cinta yang dipintal dengan perasaan seseorang dan kelangsungan hidup alam semesta yang dipertaruhkan.